Uma das áreas de atuação mais complexa é a conservação e restauro. O Departamento, sempre que solicitado pelo pároco ou por representantes das comissões paroquiais, orienta as intervenções a realizar no património, com o objetivo de serem adotados os procedimentos, técnicas, metodologias e materiais mais adequados à especificidade das peças (em conformidade com o Regulamento). Pretende-se que as intervenções sejam realizadas por empresas e técnicos qualificados e contribuam para a preservação das obras. São também muito significativas as intervenções que têm sido realizadas no âmbito das exposições temporárias promovidas pelo Departamento, justificando que, com frequência, sejam seleccionadas peças que se encontrem em mau estado de conservação.